종전에는 납세자에 대한 세무조사는 부과제척기간인 5년이 지나지 않았으면 거듭 실시되어도 시비거리가 되지 않았다. 그래서 정권교체기에는 정권에 밉보인 기업들에 대해 표적세무조사가 이루어지곤 했었다.

실제로 과거에 정치자금을 댄 몇몇 기업들이 가혹한 세무조사의 칼날을 맞고 결국 회사문을 닫게 됐던 사례를 우리는 익히 알고 있다.

그러나 이제는 표적수사 등 과세관청의 재량에 맡겨진 세무조사는 옛말이 되어가고 있다.

국세청의 밀실 속에서만 다뤄졌던 세무조사업무가 조사사무처리규정이라는 이름으로 세상에 나오게 됐고, 신설된 국세기본법 제7장2 조항에 납세자의 권리가 규정되게 됐다.

이제 중복세무조사는 법에서 정한 예외적인 경우가 아니고서는 그 사유만으로도 과세대상 여부를 따질 것 없이 아예 과세권을 상실하게 된 것이다.

과세권자 입장에서는 단지 한번 조사했던 것을 재조사하거나 누락되었던 것을 보완 조사하는 것이 위법이라고 생각하지 않을 수 있다. 그래서 과거에는 실무적으로 중복해서 세무조사를 여러 번 시행하는 것이 문제가 될것이 없었다.

그러나 2010년 국세기본법 제 81조의 4 세무조사권 남용금지 조항이 정비되면서 대법원은 중복조사의 위법에 대해 단호한 태도를 이어가고 있다.

법원에서 세무조사관들의 조사권 남용금지 조항을 엄격하게 해석해 납세자편을 들어주고 있는 것은 납세자의 권리보호와 선진세정 구현을 위해서 매우 고무적인 일이라고 할 것이다.

납세자 입장에서는 세무조사권 남용금지 원칙을 위반한 이유로 법원에서 국세청이 패소한 사례를 잘 숙지해야 할 것이다. 중복조사에 해당된다는 법원의 판결을 받게 되면 국세청에서 결정고지한 모든 세금은 당연히 취소가 될 것이기 때문이다.

세무조사의 형식을 취하지 않았더라도 현장확인 과정에서 질문 조사권이 행사됐고, 이를 통해 과세요건 사실을 확인하고 과세에 필요한 자료를 수집하는 일련의 행위가 이루어졌다면 그 실질은 세무조사에 해당하므로 추후 다른 이유를 들어 또다시 세무조사 대상자로 선정한 것은 중복조사에 해당한다고 대법원은 판결하고 있다.

국세기본법상 중복세무조사금지 규정을 잘 숙지하고 법원의 판례를 활용한다면 부당한 세무조사로 인해 세금폭탄 맞는 일을 피해갈 수 있을 것이다.