개인사업자가 법인전환을 고려할 때 가장 꺼려하는 이유 중 하나가 자금을 마음대로 사용할 수 없다는 것입니다. 이는 개인의 세금구조를 잘못 알고 있는 데서 기인합니다.
개인사업자는 일년간 매입비용과 사업관련비용을 제외하고 남는 이익에 대해 소득세가 부과됩니다. 이때 일년동안 현금, 카드 등을 사용한 금액이 전부 비용으로 처리되는 것이 아니라, 사업과 관련없는 개인적인 사용 금액은 연말에 비용에서 부인돼 이익금에 합산되어 세금이 부과됩니다. 
개인사업자 대표가 편하게 사용하지만 세무처리는 업무와 무관하게 손익에 더해지는 것입니다. 
법인은 대표도 임원보수규정 한도 내에서 보수를 받은 부분은 무조건 비용으로 인정되고, 대표가 법인에서 개인적으로 가져간 것은 가지급금으로 처리됩니다. 그런데 이렇게 가지급금으로 처리하는 것이 아니라 매월 또는 분기, 반기, 연말에 상여로 처리하면 소득세를 내고 정리가 됩니다. 
예를 들어 법인대표의 연보수가 1억인데 개인적으로 분기마다 2500만원을 사용한 상태에서 상여금 혹은 급여로 처리하면 개인사업자가 2억을 쓴 것과 같은 것입니다. 
오히려 개인은 종합소득세이지만 법인은 근로소득세로 공제금액이 커서 납부세금이 더 적게 됩니다. 
법인은 사업구조 상 매년 이익을 남기게 됩니다. 이것이 잉여금으로 십수년을 지속하게 되면 많은 잉여금이 쌓이게 되고 잉여금이 줄어드는 경우는 결손이나 배당으로 처리하는 방법 밖에 없습니다. 
그래서 매년 배당을 무조건 해야 하는데 배당은 큰 금액을 할 경우는 종합소득으로 합산돼 높은 소득세율을 적용받게 되므로 한번에 큰 금액을 하기보다는 적은 금액을 매년해야 합니다. 만약에 큰 금액이 필요할 때는 자기주식을 활용하는 것도 좋은 방법입니다.
자기주식은 법인 주주의 주식을 시가로 매입하고 양수대금을 지급하는 것을 말합니다. 이때 세금은 양도차액에 대해 3억까지는 20%, 3억이상은 25%입니다.
과세관청이 관심을 가지고 지켜보고 있고 추후 세무확인이 들어올 때 처리 절차와 정관이 정확치 않으면 가지급금으로 부인돼 높은 세금을 물게 되므로 조심해서 처리해야 합니다.